grosses nouveautés softwares sur PILCAM2 : la version 2010b de MATLAB, la version 13 d'ANSYS et 5 nouvelles licences permanentes "research" pour ANSYS.

Concernant ANSYS, le financement est conjoint entre le LRM (fonds propres + budget PILCAM2) et BMBI (3 contrats). Je tiens à remercier particulièrement Piotr, Anne-Virginie SALSAC, Cécile LEGALLAIS et Zaher KHARBOUTLY. Nous montons à 7 licences "research" ce qui permet un développement des activités de recherche dans la durée.

La version 13 est opérationnelle, elle apporte notamment Workbench en version Linux, la possibilité d'utiliser 4 cores pour la licence aa_t_a (avant c'était 2) et la possibilité d'utiliser 1 processeur de carte graphique (VECTRIS, TENSOR) pour accélérer les calculs sans éléments de contact. Bientôt des benchs...

A venir :

-l'achat de jetons HPC pour matlab

-l'arrivée de deux nouvelles machines qui viendront se fusionner avec TENSOR pour monter à 1Go de RAM et rajouter des cores (seulement 24 sur TENSOR).

-le fameux séminaire sur la nouvelle façon de bosser grâce à la visualisation. Nous testons actuellement pas mal de choses afin de trouver l'optimum, la visualisation étant un domaine en plein essor et à la pointe du HPC, aussi peu d'infos sont disponibles.

-des négociations avec les collègues des autres labos pour mutualiser toujours plus afin d'être plus fort ensemble...

Bien à vous,

Benjamin HAGEGE

Quelques news suite à la maintenance

1/SCALAR is back ! Il est de nouveau accessible et pleinement opérationnel, recommandé pour les gros jobs Abaqus ou Ansys. Il peut être difficile de s'y logger depuis l'extérieur du CLUSTER, réessayer dans ce cas.

2/SGE a été réinstallé : on espère qu'il n'y aura plus de soucis avec cette version. Nous avons testé avec une charge répartie de 30% du cluster.

3/SINUS et COSINUS ont été intégrés dans le cluster, l'activité peut être observée par GANGLIA : matrics.utc.fr/GANGLIA

4/La création des comptes est synchronisée sur l'ensemble du cluster, incluant DILER et NEXSTOR. NOUS DEMANDONS A TOUS LES UTILISATEURS D'OFFICIALISER L'EXISTENCE DE LEUR COMPTE D'ICI 2 SEMAINES EN REMPLISSANT LE FORMULAIRE DE DEMANDE D'OUVERTURE ACCESSIBLE SUR LE WIKI DE PILCAM2. Ceci va nous permettre de faire le ménage de printemps, beaucoup de doctorants et postdoctorants étant partis et ayant laissé des répertoires sur les serveurs. SANS FORMULAIRE REMPLI, NOUS EFFACERONS LE REPERTOIRE ET LE COMPTE.

5/Le /home de MATRICS est désormais partagé sur SINUS.

6/NAGIOS a été installé : il permet d'observer l'activité du cluster avec les incidents, c'est l'outil qu'utilise déjà le SI.

7/Abaqus 6.9 est installé.

Réservez la date de 11 mai 2010 !

Journée CSMA

Calcul intensif en mécanique des structures

organisée par : le Laboratoire Roberval UMR 6253, le PPF PILCAM2 et ANR OMD2

11 mai 2010, à partir de 9h30 (café d’accueil 9h)

à l’Université de Technologie de Compiègne, Centre de Recherches de Royallieu, Amphi Bessel

Inscription : brigitte.duch@utc.fr avec copie à catherine.vayssade@utc.fr

(il n’y a pas de frais, mais l’inscription est nécessaire pour le repas)

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Cette journée a pour objectif de dresser un état des lieux autour du calcul hautes performances en mécanique des structures. En effet, le paysage du calcul intensif évolue rapidement, à la fois sur le plan des matériels (clusters omniprésents, GENCI, notion de grilles de production, GPU,...), et des appels d’offre (ANR Cosinus, etc.). Pour bénéficier de ces ressources nouvelles, notre communauté a besoin d’affirmer son intérêt et de préciser son positionnement.

Les exposés aborderont la problématique spécifique au calcul des structures, des concepts, des méthodes numériques et des applications et un retour d’expérience en relation notamment avec les codes de calcul ouverts.

http://www.utc.fr/lrm/csma110510/

Matlab Distributed Computing Server opérationnel sur matrics

Nous venons de mettre en service, sur le cluster matrics, les 32 workers de MDCS : Matlab Distributed Computing Server, en version Matlab 2009b.

Ces ressources ont été obtenus grâce au financement de la Fédération SHIC http://www.utc.fr/fshic.

Cela met la programmation parallèle et distribuée à la portée de tout utilisateur Matlab de manière simple et conviviale !

Mode d'emploi : vous développez votre code parallèle sur votre poste personnel avec MPT : Matlab Parallel Toolbox (produit que nous avons déjà depuis un certain temps), qui permet l'emploi de 8 processeurs. Une fois votre code prêt, vous passez sur le cluster matrics pour des simulations d'envergure avec MDCS.

Vous pouvez demander conseil à Raghavan Balaji ( rzb113@gmail.com ou balaji.raghavan@utc.fr) qui a une expérience de ces outils.

Mise en service de NEXSTOR

Enfin le serveur de stockage et de sauvegarde de PILCAM2 est en service ! C'est lui qui est arrivé début janvier avec la fameuse seconde armoire... Ce serveur répond au doux nom de NEXSTOR (Noeud Externe de Stockage Roberval), son adressenexstor.utc.fr et son wiki est nexstor.wikispaces.com

Ce serveur est une nouvelle pierre à l'édifice PILCAM2 apportée par le LRM sur ses fonds propres.

Ce serveur a 3 fonctions :

-permettre le stockage de vos données par l'intermédiaire du classique FTP ou, nouveauté, par un lecteur réseau connecté sur votre PC Windows (à l'instar de celui Z:\ sur KAPPA géré par le SI). Pour un PC sous linux, c'est sans soucis aussi par un montage en NFS.

-permettre la sauvegarde de vos données stockées.

-permettre la sauvegarde des calculs de MATRICS et SINUS (sauvegarde des /home).

Le stockage est assurée par la baie de disques Bull reliée en fibre optique à NEXSTOR.

La sauvegarde est assurée par le robot Overland relié par fibre optique à NEXSTOR également. Ce super lecteur/enregistreur contient 2 magasins de cartouches de bandes magnétiques et sera à l'oeuvre quotidiennement. Cette solution est haut de gamme et assure la meilleure sécurité dans le temps des données à notre connaissance.

Enfin, comme en témoigne la capture d'écran de mon PC en PJ, nous avons à disposition un espace de stockage de 8To accessible depuis un lecteur réseau monté sur votre PC.

Ceux qui ont déjà un compte sur PILCAM2 pourront bientôt accéder à NEXSTOR, sans quota pour l'instant. Ceux qui n'ont pas de compte peuvent faire une demande, ce n'est pas parcequ'on ne fait pas de calculs qu'on n'a pas le droit de protéger ses données ! :)

La fusion des licences recherches MATLAB entre le LRM et BMBI est effective.

La fusion des licences recherches MATLAB entre le LRM et BMBI est effective.

MATLAB est disponible en version 2009b en téléchargement sur DILER et il est installé sur le cluster MATRICS.

J'en profite pour rappeler qu'il faut calculer sur les noeuds du cluster et non sur le frontral matrics.utc.fr, meilleure méthode : utiliser SGE.

Pour les aficionados de MATLAB, voici les licences disponibles :

MATLAB:35
SIMULINK:7
Control_Toolbox:5
Curve_Fitting_Toolbox:7
Data_Acq_Toolbox:1 license issued

Filter_Design_Toolbox:1 license issued

Fuzzy_Toolbox:2
GADS_Toolbox:5
Image_Acquisition_Toolbox:3
Image_Toolbox:5
Neural_Network_Toolbox:1 license issued

Optimization_Toolbox:10
Distrib_Computing_Toolbox:2
PDE_Toolbox:4
Signal_Toolbox:20
Spline_Toolbox:2
Statistics_Toolbox:4
Symbolic_Toolbox:10
Identification_Toolbox:2
Wavelet_Toolbox:3

nouvelles licences, séminaire jeudi prochain

De nouvelles licences flottantes sont disponibles sur DILER, bien que toutes les images CD ne le soient pas encore !

-2 licences ANSYS Research (illimitée en taille de modèle) + 5 HPC (autorisant un calcul sur 6+5CPU au plus). Ces licences sont permanentes.

-5 licences MSC.PATRAN (import IGES + export Marc/Nastran seulement), 5 licences MSC.MARC et 5 licences MSC.MENTAT. Ces licences sont permanentes.

Les licences ont été financées et mises et commun sur PILCAM2 (sous les règles habituelles) par :

-Le LRM pour 1 ANSYS Research, poursuivant une stratégie de développement de l'outil.

-Manu Lefrancois et Benoît Eynard pour 1 Ansys Research, que l'équipe PILCAM remercie chaleureusement pour cette licence mise en commun dans le cadre d'une thèse qui débute.

-MC Hobatho et BMBI pour les produits MSC, BMBI avec qui le LRM opère un rapprochement significatif sur la mise en commun des licences et qui accède désormais les licences ABAQUS du LRM. De même, nous sommes entrain de fusionner les licences permanentes MATLAB du LRM et de BMBI.

J'en profite pour parler un peu de la stratégie générale maintenant :

-PILCAM2 est une plateforme commune (ce qui a justifié le financement du PPF). Partager le hardware c'est bien, mais partager aussi le software, c'est indispensable pour rester cohérent.

-La mise en commun permet de baisser les coûts d'exploitation et d'augmenter le pool de licences, c'est donc d'intérêt commun.

-Nous avons également étendu cette initiative à l'enseignement avec pour l'Apprentissage et l'UTC la mise en commun des 25 licences ANSYS Teaching et pour l'UTC les jetons ALTAIR de la suite Hyperworks. L'Apprentissage a financé la maintenance des 25 licences ANSYS Teaching, permettant d'obtenir la V12 avec notamment 25 FLUENT et 25 AUTODYN enseignement, et le département GSM a financé la maintenance annuelle pour ALTAIR.

Sinon, SCOOP : un nouveau wiki vient d'ouvrir, http://nexstor.wikispaces.com/, celui du futur système de stockage et de sauvegarde de PILCAM2 qui s'appellera NEXSTOR. Plus de news prochainement...

Enfin, n'oubliez pas le séminaire sur PILCAM2 que nous donnons avec Piotr le 19 novembre en H224 à 14H30, ce sera l'occasion de planter une foire aux questions.

@+ pour de nouvelles news,

Benjamin HAGEGE, Maître de Conférences
UTC / Centre de recherches de Royallieu
Département Génie Mécanique
BP 20529, 60205 Compiègne cedex
France
Bureau H304

Comment citer PILCAM2 dans vos travaux scientifiques ?

Une nouvelle page sur le wiki de PILCAM2

citer Pilcam2

explique comment citer la plateforme dans vos articles et communications; vous êtes invités également à y déposer les liens vers ces travaux; soyez nombreux !

Séminaire PILCAM2 le 19 Novembre 2009

Dans le cadre des séminaires du Laboratoire Roberval, une session spéciale sera consacrée à la présentation de nos moyens de calcul. Ce séminaire animé par Benjamin Hagège et Piotr Breitkopf aura lieu le jeudi 19 Novembre. Vous trouverez les réponses à toutes les questions que vous n'avez jamais osées demander !

Matlab 2009b opérationnel

Matlab 2009b est désormais disponible sur les machines du cluster et en téléchargement sur diler pour installer sur votre station de travail personnelle.

Décodage : Mathworks propose deux mises à jour de Matlab par an - "a" au printemps et "b" à l'automne, donc 2009b signifie "automne 2009".

ANSYS version 12 est opérationnel

Bonsoir, bonne rentrée !

Comme des nouveaux thésards arrivent, cela rime parfois avec nouvelles recherches. Aussi je me permets de vous annoncer qu'ANSYS version 12 est opérationnel sur le cluster MATRICS et le serveur COSINUS. L'archive du DVD est bien sûr téléchargeable sur DILER pour une installation sur PC.

Comme nouveauté, il y a notamment le développement important de la partie CFD (mécaflu) avec l'arrivée de FLUENT unifié avec CFX et CFD-POST (anciennement CFX-POST). De plus, le code explicite AUTODYN est désormais aussi disponible ! Pour finir, WORKBENCH a été sévèrement amélioré (existe seulement en version PC pour l'instant).

Les nouvelles commandes sous Linux sont dispo ici : http://diler.wikispaces.com/Alias

Enfin, pour ceux qui veulent rester en version 11, ça marche toujours.

Bien cordialement,

Benjamin HAGEGE, Maître de Conférences
UTC / Centre de recherches de Royallieu
Département Génie Mécanique
BP 20529, 60205 Compiègne cedex
France
*******
Bureau H304

SGE - comment soumettre un job parallèle MPI ?

voici quelques observations de Benoit que nous nous permettons de diffuser en complément à la doc publié sur le wiki de matrics :

Bonjour,

voila quelques news concernant sge et après quelques investigations, voila ce que j'ai compris :
-il existe différents "environnements", (qconf -spl, pour les lister et qconf -sp nom_env; pour voir les détails). mpich n'a rien à voir avec l'implémentation de mpi. Il s'agit d'un environnement qui distribue les calculs en parallèle sur chaque nœuds jusqu'à ce qu'il soit chargé complément.

qstat -t, bien pratique pour voir sur quel nœud/queue tournent les calculs (évite les tops)

j'ai pu lancer un job sur 32 noeuds (pour tester) mais, certains cas ne passaient pas. Le job était "running" mais rien ne se passait. J'ai constaté en regardant le fichiers
job.oID et job.poID que cela se produisait à chaque fois que cosinus était impliqué.
L'astuce que j'ai trouvé : rajouter -l hostname=matrics* pour ne lancer que sur les noeuds matrics001-016. Depuis plus de problème....

Benoit

ps : le pourcentage > 100 correspondaient bien à du calcul multi-threads (% proc utilisé par le processus). C'est ca qui faisait ramer le job. Ca fait une forme de court circuit avec mpi qui tente d'appliquer la règle de base étant 1 coeur / 1 processus. Enfin c'est ma compréhension du truc. Maintenant ca dépote.

ps2 : serait - il possible de "réparer" ganglia pour qu'on puisse visualiser l'activité des noeud 010 à 016 car ils ne sont pas actualisés.

solveur creux parallèle MUMPS disponible !

Bientôt sur ce blog vous vous pourrez lire le message de Banoit Nennig concernant son dernier exploit - l'installation de MUMPS !!!!!!!!!

Ouverture d'ANSYS (enseignement) par le Laboratoire Roberval vers toute l'UTC

Après la suite Hyperworks d'ALTAIR, c'est au tour d'ANSYS (enseignement) d'être ouvert du Laboratoire Roberval vers toute l'UTC.

C'est donc bon pour l'upgrade des licences ANSYS Academic Teaching Introductory de la V11 (que Benjamin Hagège a négociées l'année dernière) vers la V12 que nous partagerons officiellement avec l'enseignement !

Ces licences sont strictement limitées à l'enseignement (pas de recherche / contrat) et à 512k noeuds en fluide / 32k noeuds en méca. Pour les aspects recherche / contrat, contacter Benjamin Hagège, on a une licence prévue à cet effet au LRM.

Pour mémoire, l'UTC détiendra à vie, par l'intermédiaire du LRM, 25 tâches simultanées de :

-ANSYS Classic ou WORKBENCH (version "user friendly" et plateforme commune de pré/post à tous les solveurs), le tout en multiphysique (mécanique, thermique, électricité, électromag, fluide par éléments finis avec flotran, le tout couplé...)

-AUTODYN solveur explicite (crash, mise en forme, explosions...),

-FLUENT ou CFX, les deux solveurs de mécaflu du top 3 du monde de la CFD,

-ICEM CFD, logiciel de maillage analogue à Hypermesh ou I-Deas.

Plus d'infos ici : http://www.ansys.com/products/ansys12-new-features.asp

Le fichier de licence sera sur DILER, le serveur de licences de la plateforme PILCAM2.

Merci aux collègues de l'Apprentissage pour le financement de cet upgrade (1900EHT) qui, peu importe le prix, atteste avant tout d'un esprit de collaboration en interne sain et rafraîchissant.

Voilà une bien belle opération pour l'UTC, à tout point de vue. N'hésitez pas a relayer cette information, l'unification des moyens et des logiciels de calcul doit être non seulement promue, mais également connue de tous.

Licences ABAQUS

Elles sont de nouveau dispo et opérationnelles !

fin de l'intervention sur les noeuds de matrics

le hard des noeuds de matrics (matrics001 à matrics010) a été mis à jour pour permettre leur gestion par kvm sur IP; le switch kvm "physique" a reçu le câble manquant - tous les serveurs sont désormais visibles à partir de l'écran en salle machine

Licences ABAQUS

de la part de Benjamin Hagège :

Les licences ABAQUS sont de nouveau dispo et opérationnelles !

Premier article PILCAM2

Le premier article de revue scientifique citant PILCAM2 sera récompensé !

la nature de la récompense reste pour l'instant secrète, mais le concours est ouvert

Vi: Search and Replace

Eh oui, à l'heure de WISYWIG omniprésent, l'éditeur vi reste toujours irremplaçable pour éditer des fichiers système. Voici un extrait de la formidable doc de Felix Gers :

Search (Wraped around at end of file):

Search STRING forward :   / STRING.
Search STRING backward:   ? STRING.
Repeat search:   n
Repeat search in opposite direction:  N  (SHIFT-n)

Replace: Same as with sed, Replace OLD with NEW:

First occurrence on current line:      :s/OLD/NEW
Globally (all) on current line:        :s/OLD/NEW/g
Between two lines #,#:                 :#,#s/OLD/NEW/g
Every occurrence in file:              :%s/OLD/NEW/g

licences

-les licences abaqus vont tomber le 10 mars, on doit passer le bon de commande mais on risque d'avoir du retard. On aura 25 jetons cette fois-ci (et non plus 23). Il est possible qu'on soit sans licences quelques jours.

-SYSWELD, logiciel par EF dédié au soudage notamment, est dispo avec deux licences en version Win32 et Linux64 jusqu'en octobre 2009, merci à Jean-Marc Roelandt pour cette mise en commun.

-Radioss et Optistruct tournent enfin sur SCALAR.

-MATLAB2008b est bien opérationnel sur toutes les machines (sauf SCALAR), je redonne l'info puisque je vois que beaucoup utilisent encore l'ancienne version dont le serveur de licence se trouve sur Santenay. Bien sûr, cette ressource est aussi importante puisqu'elle héberge des licences également achetées.