SGE - comment soumettre un job parallèle MPI ?

voici quelques observations de Benoit que nous nous permettons de diffuser en complément à la doc publié sur le wiki de matrics :

Bonjour,

voila quelques news concernant sge et après quelques investigations, voila ce que j'ai compris :
-il existe différents "environnements", (qconf -spl, pour les lister et qconf -sp nom_env; pour voir les détails). mpich n'a rien à voir avec l'implémentation de mpi. Il s'agit d'un environnement qui distribue les calculs en parallèle sur chaque nœuds jusqu'à ce qu'il soit chargé complément.

qstat -t, bien pratique pour voir sur quel nœud/queue tournent les calculs (évite les tops)

j'ai pu lancer un job sur 32 noeuds (pour tester) mais, certains cas ne passaient pas. Le job était "running" mais rien ne se passait. J'ai constaté en regardant le fichiers
job.oID et job.poID que cela se produisait à chaque fois que cosinus était impliqué.
L'astuce que j'ai trouvé : rajouter -l hostname=matrics* pour ne lancer que sur les noeuds matrics001-016. Depuis plus de problème....

Benoit

ps : le pourcentage > 100 correspondaient bien à du calcul multi-threads (% proc utilisé par le processus). C'est ca qui faisait ramer le job. Ca fait une forme de court circuit avec mpi qui tente d'appliquer la règle de base étant 1 coeur / 1 processus. Enfin c'est ma compréhension du truc. Maintenant ca dépote.

ps2 : serait - il possible de "réparer" ganglia pour qu'on puisse visualiser l'activité des noeud 010 à 016 car ils ne sont pas actualisés.

solveur creux parallèle MUMPS disponible !

Bientôt sur ce blog vous vous pourrez lire le message de Banoit Nennig concernant son dernier exploit - l'installation de MUMPS !!!!!!!!!

Ouverture d'ANSYS (enseignement) par le Laboratoire Roberval vers toute l'UTC

Après la suite Hyperworks d'ALTAIR, c'est au tour d'ANSYS (enseignement) d'être ouvert du Laboratoire Roberval vers toute l'UTC.

C'est donc bon pour l'upgrade des licences ANSYS Academic Teaching Introductory de la V11 (que Benjamin Hagège a négociées l'année dernière) vers la V12 que nous partagerons officiellement avec l'enseignement !

Ces licences sont strictement limitées à l'enseignement (pas de recherche / contrat) et à 512k noeuds en fluide / 32k noeuds en méca. Pour les aspects recherche / contrat, contacter Benjamin Hagège, on a une licence prévue à cet effet au LRM.

Pour mémoire, l'UTC détiendra à vie, par l'intermédiaire du LRM, 25 tâches simultanées de :

-ANSYS Classic ou WORKBENCH (version "user friendly" et plateforme commune de pré/post à tous les solveurs), le tout en multiphysique (mécanique, thermique, électricité, électromag, fluide par éléments finis avec flotran, le tout couplé...)

-AUTODYN solveur explicite (crash, mise en forme, explosions...),

-FLUENT ou CFX, les deux solveurs de mécaflu du top 3 du monde de la CFD,

-ICEM CFD, logiciel de maillage analogue à Hypermesh ou I-Deas.

Plus d'infos ici : http://www.ansys.com/products/ansys12-new-features.asp

Le fichier de licence sera sur DILER, le serveur de licences de la plateforme PILCAM2.

Merci aux collègues de l'Apprentissage pour le financement de cet upgrade (1900EHT) qui, peu importe le prix, atteste avant tout d'un esprit de collaboration en interne sain et rafraîchissant.

Voilà une bien belle opération pour l'UTC, à tout point de vue. N'hésitez pas a relayer cette information, l'unification des moyens et des logiciels de calcul doit être non seulement promue, mais également connue de tous.